馬德裏國際商標注冊主要有手续简便、注冊周期有保障、费用相对低廉等好处，也存在成员国覆盖面存在缺口、以国内注冊为前提、中心打击原则等缺点。申请人可根据实际情况，权衡利弊，做出商标注冊的更优选择。
馬德裏國際商標注冊好处
1）手續簡便
申请手续简便是馬德裏國際商標注冊的重要优势，商标申请人仅需使用一种语言，在国内向主管机关提交一份申请书，缴纳一次费用，即可指定多个缔约国申请保护。
2）注冊周期有保障
如前所述，通過馬德裏國際商標注冊申请指定缔约方的商标保护大概需要2年的时间。如果使用单一国家注冊的途径，部分国家和地区的申请注冊周期可短至3-6个月，但有些可能长达数年。可见，馬德裏國際商標注冊的时间与周期更具可预测性。
3）費用相對低廉
对于在海外多个国家或地区办理商标保护申请的商标申请人而言，采用馬德裏國際商標注冊的方式申请商标保护仅需缴纳一次费用，而采用单一国家注冊的方式则需向不同国家逐一缴纳申请商标注冊的费用。由此可见，申请的国家越多,馬德裏國際商標注冊的价格优势越明显。
4）方便後續管理
对于在海外多个国家或地区办理商标保护申请的商标申请人而言，可直接通过WIPO办理多个缔约方的转让、续展、注销申请，通过一次变更即可将名称/地址的变更扩展至所有缔约方。可见，相比于单一途径申请的商标，馬德裏國際商標的后续管理更便捷。
馬德裏國際商標注冊缺点
1）成員國覆蓋面存在缺口
目前已经有131个国家加入马德里体系，包括我国对外贸易的一些主要国家，比如美国、日本和欧盟多数成员国等。但值得注意的是，广大亚非拉国家仍未加入马德里体系，尤其是与我国贸易往来密切的一些东南亚、非洲国家仍在该体系之外。因此，商标申请人如计划在这些国家取得商标保护，通过馬德裏國際商標注冊的途径仍无法实现。
2）以国内申请/注冊为前提
馬德裏國際商標注冊的申请人必须以在原属国已申请或已注冊的商标为基础商标，向WIPO提起申请。换言之，马德里商标注冊必须以国内商标注冊或者国内商标注冊申请为基础。相比之下，大多单一国家注冊则没有以上限制，无论是否具有本国申请或注冊都可以提交海外申请。
3）“中心打擊”原則
“中心打击”原则是指，通过马德里体系注冊的商标，在注冊之日起五年内，无论何种原因，如果国内的商标申请没有被核准，或者国内的商标注冊被撤销或被宣告无效，其效力将及于所有指定缔约方，该商标将不能再享有国际注冊给予的保护。
由此可见，如果发生了“中心打击”的情形，商标申请人的损失将是巨大的，如果无法保证基础注冊权利的稳固，后续补救的经济成本和时间成本将远远大于馬德裏國際商標注冊本身。实践中，这一原则隐含的风险也成为了众多具有国际商标注冊需求申请人的心理障碍。
4）文件轉達有風險
馬德裏國際注冊申请的文件需经过多个组织机构、多个环节进行转达，增加了文件丢失的风险。
在马德里注冊申请的前期阶段，文件由原属国商标主管机关转交WIPO国际局，再由WIPO国际局转交指定缔约方；在实质审查阶段，如有驳回或者异议，相关文件由指定缔约方转交WIPO国际局，再转达给代理机构或商标申请人，容易丢失邮件而失效；在指定缔约方受到保护后，指定缔约方可能会将相关的被撤销、无效等通知直接邮寄至商标申请人，而不再通知指定的代理机构，亦容易造成文件丢失而导致原已受保护的商标失效。
5）各指定國家獨立審查
馬德裏國際商标注冊在每个国家都需要经过各自的审查程序，可能面临一些国家对商标的拒绝。这可能会导致国际注冊在某些国家无法生效。
6）部分国家不会单独下发注冊证书
根据协定和议定书的相关规定，在国际注冊进入指定缔约方审查阶段后，12或18个月内WIPO没有收到指定缔约方的驳回通知书的，指定该缔约方的申请视为核准注冊。
对于该类默认核准注冊的申请，目前只有少部分国家单独发出注冊证书或证明，大部分国家不另行通知。因此，如在这些国家行使商标注冊权利，需要向指定缔约方申请注冊证明文件。
