很多軟件企業在軟件開發後進行申請軟件保護時，都會面臨一個問題,是申請軟件專利還是申請軟件著作權保護，無論是計算機軟件專利還是軟件著作權，都屬于知識産權所保護的範疇。那麽到底申請哪種保護更好呢?
第一：保護原則不同
软件著作权是在软件创作完成后自动产生，也是自愿进行軟件著作權登記，登记的目的是体现公证的效力，主要用于声明著作权权属，同时使后续维权时的证据力度更大。軟件專利则必须向专利局提出申请才能获得保护。
第二：保護客體不同
軟件著作權申請提交的資料是源代碼及用戶操作手冊，所以軟件著作權保護的是表現形式，不保護思想。這樣就有可能出現競爭對手將你的軟件進行研究，然後改變編程語言，達到的結果是一樣的，但由于代碼不相同，所以不侵犯著作權。軟件專利則不同，在申請時描述的是軟件的設計構思(注意一定要以技術方案的形式表現，或者最好能夠結合硬件來表現)，包含了軟件流程圖的內容，而不是主要說明采用哪種程序語言實現。一旦獲權後，他人只要采用了軟件專利的設計構思或方案，就可能構成侵權。
第三：申請通過率不同
軟件著作權實行的是登記制，一般不需要經過實質審查，只要形式審查時提交的材料符合要求，並且不違反《著作權法》的規定即可獲權，登記通過率極高。軟件專利需要經過形式審查和實際審查。形式審查主要是審核專利材料是否符合申請要求，形式審查通過後就會公開，再進入實質審查，審核該專利是否符合《專利法》的要求，並且要滿足新穎性，創造性，實用性等諸多要求。一般純軟件型的專利不易獲權，通過軟硬件結合的方式會提高其授權率，但總得來說通過率依然不高。
第四：保護期限和維護費用不同
公民的作品，其法律規定的相關著作權保護期爲作者有生之年加死亡後50年;法人及其它組織的作品，其法律規定的相關著作權的保護期爲50年。費用方面只會繳納前期的申請費，後續不會有維護的費用。一般來說軟件專利只能申請發明專利，保護期限從申請日起算20年。而發明專利每年都需要繳納年費，過期不繳納即視爲放棄專利權。
第五：優缺點各有不同
软件著作权可以不用公开就受到保护，并且能够让创作者快速地获得著作权保护，普通登记一般2个月左右授权，采用加急申请软件著作权最快能一个工作日授权。能够让著作权人快速抢占市场，拿到政府相应的资助。軟件專利必须以公开换保护，发明專利申請时间是2-3年、实用新型8-10个月、外观专利6-8个月，一般不能采取加急形式。而软件的进步相应来说是较快的，所以在申请的过程中的有可能就错过了软件市场。
所以無論是軟件申請軟件專利還是軟件著作權保護，都屬于知識産權所保護的範疇，要想保護自身權益，需根據他們所保護的特點找到適合自己的方式。
